Auf und an der Ehrenbürg treten verschiedene, vornehmlich wärmeliebende, Vegetationsformen auf. Dies ist zum einen durch den Schichtstufenaufbau (siehe Geologie) und unterschiedlichen Mikroklimabereichen, sowie durch den Eingriff von Menschenhand begründet.
Bis Anfang/Mitte des letzten Jahrhunderts wurde der Berg vornehmlich mit Nieder- und Mittelwälder bewirtschaftet und als Weideland für Schafe genutzt. Damals war die Ehrenbürg beinahe komplett unbewaldet. Aber seitdem diese Form der Bewirtschaftung eingestellt wurde, werden immer mehr Bereiche von Wäldern in Beschlag genommen. Ohne weiteren menschlichen Einfluss würde auch der Rest des Berges nach und nach bewaldet und einige der Vegetationsformen verloren gehen.
Ein besonderer Grund zur Ausweisung des Naturschutzgebietes Ehrenbürg liegt am Vorhandensein von Halbtrockenrasen. Sie gehören vor allem für Gras- und Blütenpflanzen zu den artenreichsten Lebensräumen in Mitteleuropa. Und dies obwohl die auch sogenannten Kalkmagerrasen durch ein geringes Angebot an Wasser- und Nährstoffen gekennzeichnet sind. So herrschen teilweise extreme Bedingungen an den Dolomitkuppen, da dort das Regenwasser sehr schnell versickert und an den Hängen, da sich dort in den Kalkgeröllfelder wenig Erde halten kann. Zudem sorgen die ungeschützte Sonneneinstrahlung und Aufwinde für Austrocknung.
Halbtrockenrasen sind beinahe auf den kompletten Gipfelbereichen, am Süd-West-Hang des Rodensteins und vor allem auf großen Teilen am Westhang des Walberlas zu finden. Auch an den unteren Hängen sind noch zwei kleinere Halbtrockenrasenbereiche vorhanden: Am mittlerweile stark verbuschten Bergsturz 'Kleines Walberla' und oberhalb von Wiesenthau an einer vom Bund Naturschutz betreuten Fläche, welche ebenfalls manchmal als 'Kleines Walberla' bezeichnet wird.
Die Halbtrockenrasen am Walberla entstanden durch jahrelange Beweidung und umfangreicher Rodung und würden ohne weitere Maßnahmen durch den Menschen zu Grunde gehen. Bei den Bereichen am Walberla findet eine Beweidung von Schaf- und Ziegenherden statt, wohingegen am Rodenstein meist gemäht wird. Zudem werden gelegentlich Entbuschungsmaßnahmen vorgenommen.
In den flacheren Bereichen der Hänge und des Sattelbereichs der Ehrenbürg sind die Böden lehmhaltiger und feuchter. Bessere Bedingungen ergeben sich dort auch durch verminderte Sonneneinstrahlung und schwächeren Winden. Hier wurden teilweise durch Maßnahmen wie mehrmaliges Mähen und Düngen die eigentlich vorherrschenden Halbtrockenrasen durch Fettwiesen verdrängt.
Wiesen gibt es natürlich auch zu Hauf auf den unteren Hängen und um die Dörfer der Ehrenbürg.
Feuchte Bereiche auf Wiesen gibt es nur einige an den Hängen der Ehrenbürg, aber eine richtige Feuchtwiese mit ihrer typischen Vegetation ist aufgrund von Trockenlegungen in der Vergangenheit hier nicht mehr zu finden.
Innerhalb des Naturschutzgebietes besteht der Osthang der Ehrenbürg vollständig aus Wäldern. Ebenso sind große Teile des Nordhangs am Walberla bewaldet. Am Rodenstein besteht der Südhang aus Wald und unterhalb des Rodensteinfels gibt es in südwestlicher Richtung eine Waldfläche. Waldfrei hingegen ist die Westseite des Walberlas und auf dem Plateau befinden sich nur einige Waldeinschnitte. Auch an den Hängen unterhalb des Naturschutzgebietes bestehen, wie bspw. auf dem Eichelberg, nur wenige kleinere Waldgebiete.
Bei den Wäldern der Ehrenbürg handelt es sich größtenteils um Eichen- und Buchenwälder, vorwiegend bestehend aus Stieleiche (Quercus robur), Traubeneiche (Quercus petraea) und vor allem Rotbuche (Fagus sylvatica).
Diese am Walberla naturbelassenen Wälder gelten in erster Linie für viele Vögel und Insekten als Lebensraum. Neben den Baumarten bilden sich abhängig des Bodens und der Lichtdurchlässigkeit des Blätterdachs auch Gebüsche und weitere Pflanzen in einer teils artenreichen Krautschicht aus. So gelten einige Bereiche als Hainsimsen-Buchenwald und andere als Waldmeister-Buchenwald.
Am Rodenstein-Südhang gelten kleinere Bereiche als Orchideen-Buchenwald. Diese bestehen auf flachgründigen und kalkreichen Boden an wärmebegünstigten Stellen, was für viele Orchideen und anderen Pflanzen den bevorzugten Lebensraum darstellt.
Der Wald unterhalb des Rodensteinmassivs in südwestlicher Richtung gilt als Trockener Eichen-Hainbuchenwald. Hier wachsen auf den flachgründigen Boden wärmeliebende Bäume und Sträucher. Auch die Fauna besteht aus Arten, die es trocken und warm bevorzugen, wie einige Tagfalter.
Auf den mit Geröllschutt überlagerten steileren Hangabschnitten an der Ost- und Nordseite des Walberlas befinden sich Hangschuttwälder, aber keine Schluchtwälder. Da dort die Buche kaum zurechtkommt, nutzen dort vorrangig Ahorn- und Lindenbäume, Bergulme (Ulmus glabra) und Esche (Fraxinus excelsior) die Chance sich dort anzusiedeln.
Entlang den spärlich vorhandenen kleinen Bächen und Quellsümpfen an der Ostseite haben Schwarz-Erlen (Alnus glutinosa) Fuß gefasst und einen Bacheschenwald gebildet.
Natürliche Nadelwälder kommen am Walberla nicht vor, aber es finden sich einige Waldkiefern (Pinus sylvestris), welche meist eingepflanzt wurden bzw. sich daraus vermehrten. So ist auf der Kuppe des Eichelbergs die Kiefer die dominierende Baumart.
Zudem wurden innerhalb des großen Waldgebiets am Osthang der Ehrenbürg einige kleinere Forste mit Fichten (Picea abies) angelegt. Fichtenforste werden auch als Waldwüsten bezeichnet, da aufgrund des dichten, gleichhohen Baumbestandes nur sehr wenig Licht vorhanden ist und der Boden durch Abbauprodukte der Nadeln versauert. Somit finden sich dort beinahe keine anderen Pflanzen und auch Tiere an.
Früher wurden die Hänge der Ehrenbürg vor allem als Nieder- und teilweise als Mittelwald bewirtschaftet. Beim Niederwald wurden alle Bäume und Büsche abgeholzt und vorwiegend als Brennholz genutzt. Beim Mittelwald wurde die Abholzung alle 15 - 30 Jahre durchgeführt und innerhalb des Waldbereichs einige der vorhandenen Bäume stehen gelassen und nicht auf Stock gesetzt. Dies begünstigt Baumarten, die wieder aus den verbliebenen Stöcken heraustreiben können, wie Hainbuche (Carpinus betulus) und Hasel (Corylus avellana). Auch lichtbedürftige Baumarten, wie Mehl- und Elsbeere, und Pflanzen der Krautschicht profitieren von dieser Maßnahme. Durch die frühere Nutzung als Niederwald wurde die sonst vorherrschende Buche zurückgedrängt und die Verteilung der Bäume beeinflusst.
Auch heute noch wird an der Nordost- und Ostseite des Berges der Mittelwald gefördert und durch liegengelassene Baumteile und Äste als Totholz ein ökologisch wertvoller Lebensraum vor allem für Käfer geschaffen. Diese Art der Waldnutzung wird nicht nur in Oberfranken, sondern auch in ganz Deutschland, nur noch an sehr wenigen Stellen betrieben.
Inner- und außerhalb des Naturschutzgebietes am Walberla werden die Felder und Wiesen immer wieder von zahlreichen Heckenbereichen durchzogen. Auch auf den Halbtrockenrasen und Schlagfluren finden neben den einsetzenten Gebüschgruppen einzelne Sträucher ihren Platz.
Hecken bieten Nahrung, Schutz und Brutgelegenheiten. Aufgrund der unterschiedlichen Lichtverhältnisse in und am Rand der Hecken sind sie ein artenreicher Lebensraum für viele Tiere. Ebenso findet ein Unterwuchs an Pflanzen Platz, besonders um den Außenbereich der Gebüsche, aber auch in geringem Ausmaß innerhalb.
Die Hecken im Naturschutzgebiet Ehrenbürg setzten sich vorwiegend aus Schlehdorn, Weißdorne und Rosengewächse zusammen. Darüber hinaus sind die wärmeliebenden Arten Roter Hartriegel, Liguster, Wolliger Schneeball und Zwergmispel vertreten. Von der (früheren) Nieder- und Mittelwaldwirtschaft profitieren Mehlbeeren, von denen auch endemische Arten am Walberla zu finden sind, wie die Fränkische Mehlbeere und eine Mehlbeerenart, die es nur auf dem Rodenstein gibt und noch unbeschrieben ist.
Wacholder welcher typisch auf anderen Halbtrockenrasen der Fränkischen Schweiz ist, kommt hier nur in wenigen Einzelpflanzen vor.
Neben der imposanten, südwestlich gerichteten Rodensteinwand, an der extreme Temperaturschwankungen vorkommen, prägen vor allem die bizarr geformten Felsformationen an der freigelegten Westseite des Walberlas das Aussehen der Ehrenbürg. An der Ostseite sind ebenfalls Felswände zu finden. Ansonsten gibt es noch vereinzelte Felstürme und auf der Hochfläche schauen vereinzelte Felsbrocken heraus.
Auf der Ehrenbürg liegen die lebensfeindlichsten Bedingungen für Bewuchs auf Fels vor. Nährstoffe können meist nur durch Luft, bei Regen und Nebel oder durch herablaufendes Wasser aufgenommen werden. Auch die ungeschützte Sonneneinstrahlung an den Felskanten und -simsen trägt zur Austrocknung bei. Nur in Felsspalten und -fugen lagern sich dünne und wenige Humusschichten an. Neben Flechten und Moose können diesen Bedingungen nur wenige Pflanzen trotzen, so dass sich auf den teils senkrechten Felswänden nur eine sehr lückige und niedrige Bewachsung ergibt. Aber neben einigen Vogelarten, die Vorsprünge und Löcher als Brutort wählen, leben in den Felslücken auch viele Insekten.
Festzustellen ist aber, dass in der Felsvegetation einige Pflanzen fehlen, welche sonst zum Fränkischen Jura gehören. Der Schwund an einigen Pflanzen und Vögel ist auch auf die Kletterei zurückzuführen. Aber auch Walberlabesucher, die die zugänglichen Felsen betreten oder sich daraufsetzen, tragen zur Zerstörung der wenigen, sehr trittempfindlichen Pflanzen bei, die auf den Felsen ihren Lebensraum haben.
An den Hängen unterhalb der Felsen gibt es kleinflächige Kalkschutthalden. Diese bestehen aus lockeren Ansammlungen von grobem und kleinem Gestein. Durch die starke Sonneneinstrahlung, der geringen Schicht an Sedimenten, der schlechten Wasserversorgung und dem nachrutschenden Gestein kommen hier nur wenige Pflanzen mit den vorherrschenden Bedingungen zurecht. Aber einige wärmeliebende Tiere, vor allem Insekten wie Heuschrecken, halten sich hier gerne auf.
In Höhlen gibt es aufgrund der ständigen Dunkelheit im Inneren so gut wie keinen Pflanzenbewuchs. Nur im Eingangsbereich wo Tageslicht einfällt, sind wenige Pflanzen zu finden. In den Höhlen herrscht aber das ganze Jahr über eine kaum schwankende Luftfeuchtigkeit. Auch die Temperaturen sind meist gleichbleibend und liegen auch im Winter oberhalb des Gefrierpunktes. Dies macht sie zum idealen Lebensraum für manche Tiere, wie Fledermäuse und Spinnen, besonders als Überwinterungsquartier.
Die Höhlen am Walberla sind größtenteils vom menschlichen Einfluss unbeeinträchtigt. Aber es gibt dennoch einige Unverbesserliche die trotz Verbot Feuer vor den Höhlen und Hohlräumen anzünden und dadurch die darin lebenden Fledermäuse, von denen am Walberla auch sehr seltene Arten beheimatet sind, durch den einsteigenden Rauch stark gefährden und vertreiben.
Ein kennzeichnendes Merkmal der Ehrenbürg sind die beinahe ringsum am Fuße des Berges liegenden Obstbaumgärten, schließlich ist die Ehrenbürg Teil eines der größten geschlossenen Süßkirschen-Anbaugebiete Deutschlands. Besonders im Frühling stechen die vielen weiß-blühenden Bäume ins Auge.
Früher bestanden diese Obstgärten nur aus Streuobstwiesen. Streuobstwiesen bestehen aus einer Kombination von hochstämmigen, kaum mit Gift behandelten Obstbäumen und wenig bewirtschaftete Wiesen und Felder unter den Bäumen. Daraus ergibt sich ein bedeutender Lebensraum für Pflanzen und Tieren, besonders zur Blütezeit. Wertvoll sind darüber hinaus die alten Bäume als Lebensraum für Tiere. In den Baumhöhlen finden viele Vögel und auch kleinere Säugetiere Nistmöglichkeiten und in den toten Ästen Insekten. Ebenso beherbergen die alten Obstgärten alte Obstsorten.
Mittlerweile sind aber viele dieser artenreichen Streuobstwiesen verschwunden bzw. in Obstplantagen mit niedrig wachsenden Bäumen umgewandelt.
Obwohl die Bodenbeschaffenheit auf dem Berg für die landwirtschaftliche Nutzung kaum geeignet ist, wurde auch Ackerbau betrieben. Auch nach der Gründung des Naturschutzgebietes befinden sich noch vereinzelte Ackerflächen auf der Hochfläche der Ehrenbürg, welche mit Auflagen betrieben werden dürfen. Äcker sind für Insekten ein wichtiger Lebensraum, aber besonders in den Randstreifen wachsen die immer selten werdenden Ackerwildkräuter.
Im Sattel zwischen Walberla und Rodenstein befinden sich auch einige der in der Fränkischen Schweiz nur noch wenig vorkommenden Kalkscherben-Äcker, welche trotz des steinigen Untergrunds viele Wildkräuter hervorbringen. Aber auch hier sind im Laufe der Zeit auf dem Walberla nur noch sehr wenige Arten erhalten geblieben.
Im Tal werden die Flächen meist landwirtschaftlich bewirtschaftet.
In den Dörfern am Fuße der Ehrenbürg gibt es auch Lebensräume für Wildpflanzen und Kleintieren in den angelegten Gärten, teilweise als sogenannte Bauerngärten.
Auf den Hängen der Ehrenbürg fördern nur wenige Quellen, meist im Osten, Wasser zu Tage. Hieran haben sich auch kleinere Bäche und Feuchtgebiete ausgebreitet. Aufgrund der Durchlässigkeit des Kalkgesteins gibt es keine Quellen auf der Hochfläche.
Entwässert wird die Ehrenbürg hauptsächlich durch den Ehrenbach und den Gaubach bei Wiesenthau, welche beide in die Wiesent fließen. Ansonsten gibt es noch ringsum einige angelegte Weiher, von denen die größten zwischen Kirchehrenbach und Leutenbach gelegen sind, wo auch immer eine Krötenwanderung im Frühjahr stattfindet.
Einige Pflanzen lassen sich auch gerne an Weg- und Straßenrändern, sowie an Ödland und Ruderalflächen nieder, also an brachliegenden, ungenützten Bereichen mit teils unfruchtbarem Boden.